SnapGene破解版是一款专业强大的日常分子生物学软件,任何能够支持分析酶切位点、标签、启动子、终止子和复制子等质粒原件,也能够提供优雅,信息丰富的窗口,以用于模拟各种常见的克隆和PCR方法,助用户更轻松对生物分子进行研究分析。
SnapGene能够让用户计划、可视化和文档你的分子生物学方法,或是生成详细的DNA序列文件,此外还可以对数据进行对比,例如对将两个DNA进行分析、对比,以此更方便查看它们的不同之处。
1、为DNA和蛋白质序列添加了多个比对工具。
2、实现了macOS的选项卡式窗口支持。
3、已启用将CSV格式的数据库导入集合。
4、为LabArchives ELN添加了文件交换工具。
5、允许的序列跟踪导出为FASTA和纯文本格式。
6、添加了Biotium MW标记物。添加了“φ29 – HindIII”MW标记。
7、添加了“λDNA – EcoT14I”MW标记。
8、添加了Enzynomics MW标记。
一、想象
1、DNA可视化
查看DNA序列的多个视图。
地图 · 序列 · 酶 · 特征 · 引物 · 历史
自定义酶位点,特征,引物,ORF,DNA颜色等的显示。地图可以是圆形或线性格式。
使用双链模式查看酶位点,具有翻译,引物和DNA颜色的特征。单链模式显示具有彩色特征的紧凑概览。
从一系列酶组中选择。剪切网站可以显示为数字或行,按名称或频率排序。
按名称,位置,大小,颜色,方向性或类型对带注释的要素列表进行排序。复选框在紧凑或完全展开的显示之间切换。
按名称,长度,颜色,结合位点,方向性或解链温度对杂交引物列表进行排序。复选框在紧凑或完全展开的显示之间切换。
查看DNA构建体的自动生成的图形历史记录。祖先序列可以作为单独的文件恢复
2、大序列支持
浏览染色体大小序列。
查看 · 搜索 · 缩放
利用这款软件的高效数据处理功能,扫描具有数千种注释功能的大型DNA序列。
使用专有的MICA算法立即在染色体内找到序列。
使用多功能控件调整缩放系数和显示区域。
3、蛋白质可视化
查看蛋白质序列的多个视图。
地图 · 序列 · 属性 · 特征 · 历史
自定义区域,站点,键和序列颜色的显示。
使用具有相关特征的1-或3个字母的氨基酸代码查看蛋白质序列。
查看蛋白质的分子量,消光系数,等电点和氨基酸组成。可以对蛋白质的选定部分进行相同的分析。
按名称,位置,大小,颜色或类型对带注释的功能列表进行排序。复选框在紧凑或完全展开的显示之间切换。
查看自动生成的蛋白质序列图形历史记录。祖先蛋白质或DNA序列可以作为单独的文件再生。
4、直观的序列编辑
轻松编辑DNA和蛋白质序列。
标准编辑 · DNA结束
进行插入,删除,替换和大小写更改。复制并粘贴序列时,会自动传输功能。
编辑线性DNA序列的末端以添加或去除突出端或磷酸酯。
5、序列颜色编码
将选定的DNA或氨基酸序列设置为十种颜色之一。
给两条DNA链或蛋白质序列着色。颜色在Map和Sequence视图中都可见。
6、特征注释
自动注释常用功能,或手动注释新功能。
自动特征检测 · 手动特征注释
使用其广泛的数据库查找DNA序列中的常见特征。您选择的其他功能可以添加到自定义数据库中。
选择DNA或蛋白质序列的一部分,并使用灵活的GenBank兼容控件注释特征。二、模拟
1、限制性站点指标
确认限制网站适合克隆。
独特性 · 甲基化敏感性 · 特殊性质
以粗体显示独特的限制性位点,或选择自动定义的Unique Cutters或Unique 6+ Cutters酶组。
不要被愚弄,因为限制性位点被Dam,Dcm或EcoKI甲基化阻断,将自动用星号标记该站点。
利用工具提示来避免有问题的限制网站。
2、限制性克隆
可视化克隆过程的所有方面。
如果您已经考虑过程,则模拟只需几秒钟。如果克隆过程存在设计缺陷,则可以捕获并纠正错误。
3、PCR
模拟标准PCR。
使用您自己的引物,或要求该软件自动设计引物。产品文件在其历史记录中存储模板和引物。
4、重叠延伸PCR
通过重叠延伸PCR融合片段
最多可组装八个碎片。选择要连接的片段及其方向,软件将设计引物。
5、引物定向诱变
使用诱变引物进行定点诱变。
选择诱变引物,按下按钮查看修饰的质粒。历史颜色突出了突变。
6、网关?克隆
模拟网关? BP克隆或LR克隆,或两者在同一时间。
为方便起见,提供了常见的供体向量和目的向量。
7、吉布森大会?
通过融合多达八个片段或通过将多达八个片段插入向量来模拟Gibson Assembly。Gibson Assembly是一种流行的无缝克隆方法。
选择要融合的片段及其方向,软件将设计引物。线性化的载体可以通过酶消化或反向PCR产生。
8、IN-FUSION ?克隆通过在向量中插入最多八个片段来模拟Clontech的In-Fusion克隆。In-Fusion克隆是一种非常通用的方法,可用于创建无缝基因融合。
选择要融合的片段及其方向,软件将设计引物。线性化的载体可以通过酶消化或反向PCR产生。
9、TA和GC克隆
通过TA或GC克隆捕获PCR产物。
选择传统的TA克隆或高效GC克隆。
为方便起见,提供了常见的TA克隆载体和Lucigen的GC克隆载体。
10、退火Oligos
退火两个寡核苷酸形成双链产物。
使用简单的控件添加突出限制克隆。
三、避免错误
使用该软件,确保构造符合您的要求,并确认您获得了所需的序列。
1、阅读基因融合的框架
确保构造中的已转换要素符合框架。
链接翻译 · 警告信息
使用“序列”视图可以快速查看两个已翻译的要素是否在框架中。如果是这样,翻译链接在同一行。如果不是,则翻译在单独的行上。
2、与参考序列对齐
使用强大的对齐工具检查实际构造是否与模拟构造匹配。
地图概述 · 序列详细信息
请参阅对齐序列与参考序列匹配的位置的概述,以及存在差异的位置。
四、自动录制
可以自动记录操作以创建图形历史记录,并将祖先结构存储在最终文件中。
1、全面的“撤销”能力
几乎撤消任何操作。
不要害怕尝试使用SnapGene文件 - 回溯您的步骤很容易。
2、历史和嵌入式祖先
查看构造的图形历史记录。
单击操作以突出显示亲本和产物序列的相关部分,或单击PCR引物名称以查看引物序列。
单击历史记录树中的祖先以重新生成该祖先序列文件,包括其注释和克隆历史记录。
3、历史色彩使用可选的历史记录颜色来标识序列的最新更改。
详细了解构建体的组装方式,包括结扎的粘性末端。
五、拥有你的数据
允许用户根据需要阅读和共享文件,同时保持对数据的完全控制。
1、安全文件管理
将文件保存在所需的位置。
使用熟悉的安全操作系统来存储和整理文件。
2、从其他格式导入
阅读许多常见的文件格式。
不仅可以导入DNA序列,还可以导入注释和注释。我们将继续开发进口商,以确保您不会被锁定为专有文件格式。
3、导出为标准格式
将序列,地图或凝胶图像转换为标准格式,以便与其他软件一起使用。
将序列导出为GenBank或FASTA格式。将地图或模拟琼脂糖凝胶导出为常见的图像格式。
六、转换文件格式
开放式信息交换至关重要,因此该软件和SnapGene Viewer提供了读取和导出常见文件格式的选项。
从其他格式导入时,目标不仅是捕获DNA序列,还捕获注释和注释
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